羊糞、豬糞、牛糞等都是比較好的有機肥原料，有機質含量高，但因為纖維含量少不易分解，使用時要經由充分腐熟發酵，高溫殺滅病蟲卵、菌和雜草種子，動物加工廢棄物：加工廢棄物，甚至是養殖廢棄物等也能成為有機肥的原料，通常采用的是無公害生物降解法，藥渣：藥渣有阿維菌素渣、頭孢渣、泰樂渣、青霉渣，藥渣整體上蛋白等其他養分含量較高，價格屬于中下等，使用后肥力效果較好，能夠抵擋其他有害病菌，但原料活動性較大，不亂貨源較少。

在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣，綠肥：利用栽培或野生的綠色植物體作肥料，如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等，非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等，作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必須的營養元素有N、P、K、Ca、s等，在相宜前提下通過泥土微生物的作用，這些元素經由礦化再回到泥土中，為作物吸收利用。

顆粒有機肥具有以下優點： 1.方便施用：顆粒狀的有機肥料易于攜帶、儲存和施用，能夠實現精準投放。 2.營養均衡：顆粒有機肥經過加工和調節，可以具備較為均衡的營養成分，滿足植物生長所需。 3.控釋效果：顆粒有機肥中的有機質和養分釋放速度相對較慢，能夠實現長效供應，減少養分流失。 4.土壤改良：顆粒有機肥的施用可以改善土壤結構，增加土壤保水保肥能力，促進土壤微生物活動。