化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。 危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。

生物菌肥料的優點： 改良土壤 (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。

廄肥、堆肥、漚肥等，堆漚肥是以秸稈、雜草、樹葉、泥炭、垃圾以及農村廢棄物為主要材料，加入適量的人畜糞尿而漚制成的有機肥，堆漚肥中的有機質在厭氧前提下分解，養分不易揮發，且形成的養分多被土壤吸附，不易流失，肥效長而穩，沼氣肥，在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣，是以畜禽糞便、動植物殘體、糊口垃圾等富含有機質的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料和發酵菌劑，通過工廠化方式加工出產而成的肥料。