有機肥效果不佳的原因有很多，主要有兩大類，一類是肥料本身的原因，一類是使用方法的原因。 一、肥料本身的原因 1、養分 由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批批不合格產品就這樣進入了市場。 2、pH值 在發酵過程中，pH變化較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡。

生物菌肥料的優點： 固氮、解磷、解鉀功能 能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。 提高作物品質。 解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。

有機肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機肥不光是我們在市場上購買的寫著有機肥字樣的產品，有機肥分為兩大類，一類為粗有機肥，一類為商品有機肥，有機肥就是沒有深加工的有機肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農村常見的東西，這些就是粗有機肥，只不外有些簡樸，使用需要進行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。