有機肥效果不佳的原因有很多，主要有兩大類，一類是肥料本身的原因，一類是使用方法的原因。 一、肥料本身的原因 1、養分 由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批批不合格產品就這樣進入了市場。 2、pH值 在發酵過程中，pH變化較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡。

生物菌肥料的優點： 改良土壤 (1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。 (2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。 (3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。

有機肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機肥不光是我們在市場上購買的寫著有機肥字樣的產品，有機肥分為兩大類，一類為粗有機肥，一類為商品有機肥，有機肥就是沒有深加工的有機肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農村常見的東西，這些就是粗有機肥，只不外有些簡樸，使用需要進行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。