化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。 化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

生物菌肥料的優點： 固氮、解磷、解鉀功能 能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。 提高作物品質。 解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。

廄肥、堆肥、漚肥等，堆漚肥是以秸稈、雜草、樹葉、泥炭、垃圾以及農村廢棄物為主要材料，加入適量的人畜糞尿而漚制成的有機肥，堆漚肥中的有機質在厭氧前提下分解，養分不易揮發，且形成的養分多被土壤吸附，不易流失，肥效長而穩，沼氣肥，在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣，是以畜禽糞便、動植物殘體、糊口垃圾等富含有機質的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料和發酵菌劑，通過工廠化方式加工出產而成的肥料。