化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質(zhì)的變化及環(huán)境的污染。 從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。

廄肥、堆肥、漚肥等，堆漚肥是以秸稈、雜草、樹葉、泥炭、垃圾以及農(nóng)村廢棄物為主要材料，加入適量的人畜糞尿而漚制成的有機肥，堆漚肥中的有機質(zhì)在厭氧前提下分解，養(yǎng)分不易揮發(fā)，且形成的養(yǎng)分多被土壤吸附，不易流失，肥效長而穩(wěn)，沼氣肥，在密封的沼氣池中，有機物腐解產(chǎn)生沼氣后的副產(chǎn)物，包括沼氣液和殘渣，是以畜禽糞便、動植物殘體、糊口垃圾等富含有機質(zhì)的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料和發(fā)酵菌劑，通過工廠化方式加工出產(chǎn)而成的肥料。

有機肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機肥不光是我們在市場上購買的寫著有機肥字樣的產(chǎn)品，有機肥分為兩大類，一類為粗有機肥，一類為商品有機肥，有機肥就是沒有深加工的有機肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細(xì)分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農(nóng)村常見的東西，這些就是粗有機肥，只不外有些簡樸，使用需要進行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。