化肥中不含有機(jī)質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機(jī)質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。 化肥利用率低，氮肥因?yàn)橐讚]發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因?yàn)榱姿岣瘜W(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。 化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質(zhì)的變化及環(huán)境的污染。 從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。

有機(jī)肥還可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有機(jī)肥不光是我們在市場上購買的寫著有機(jī)肥字樣的產(chǎn)品，有機(jī)肥分為兩大類，一類為粗有機(jī)肥，一類為商品有機(jī)肥，有機(jī)肥就是沒有深加工的有機(jī)肥，它包括禽糞、畜糞、餅類、植物體等，再往下細(xì)分，禽糞包括鳥糞，雞糞等，畜糞包括豬糞，牛糞，羊糞等，餅類包括豆餅，油料，花生餅等，植物體又包括麥稈，稻殼等在農(nóng)村常見的東西，這些就是粗有機(jī)肥，只不外有些簡樸，使用需要進(jìn)行再加工，例如鳥糞和禽糞需要高溫腐熟才能用。