生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農(nóng)為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災(zāi)。另外，大量地沖施化肥對(duì)土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對(duì)于施用生物菌肥的大棚地，應(yīng)盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學(xué)肥料。

化肥中不含有機(jī)質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機(jī)質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。 化肥利用率低，氮肥因?yàn)橐讚]發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因?yàn)榱姿岣瘜W(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

化肥大量使用使蔬菜瓜果品質(zhì)大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時(shí)還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長(zhǎng)期使用化肥必然導(dǎo)致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營(yíng)養(yǎng)失調(diào)，從而導(dǎo)致作物內(nèi)部轉(zhuǎn)化合成受阻，必然導(dǎo)致作物品質(zhì)下降，瓜不甜，菜不香。