生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農(nóng)為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災(zāi)。另外，大量地沖施化肥對(duì)土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對(duì)于施用生物菌肥的大棚地，應(yīng)盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學(xué)肥料。

生物菌肥應(yīng)注意的事項(xiàng) 1、施用時(shí)期：生物菌肥不是速效肥，一般作底肥，如果追施，在作物的營養(yǎng)臨界期和營養(yǎng)大量吸收期前7-10天施用，效果好。 2、混合：應(yīng)注意，不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及草木灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混肥。

化肥中不含有機(jī)質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機(jī)質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。 化肥利用率低，氮肥因?yàn)橐讚]發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因?yàn)榱姿岣瘜W(xué)活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。