生物菌肥最怕殺菌劑，而不少菜農為防蔬菜根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地沖施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對于施用生物菌肥的大棚地，應盡量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料。
生物菌肥應注意的事項 1、施用地塊：對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫元素能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。 2、菌數：有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買。國家規定微生物菌劑有效活菌數≥2億/克(顆粒1億/克)，復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。
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