微生物肥料是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。活化土壤，解磷解鉀。微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘體，形成土壤腐殖質，改善土壤結構和理化性狀，可將植物不能吸收的物質轉化為有效養分，供植物吸收利用。肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體。
土壤中的有機質能顯著改進土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水才能增強，進步土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇才能，增產明顯，這是化肥不能代替的。添加土壤有機質的方法主要是增施有機肥，包括人畜糞尿、土雜肥、秸稈、商品有機肥等。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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