土壤中的有機質能顯著改進土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水才能增強，進步土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇才能，增產明顯，這是化肥不能代替的。添加土壤有機質的方法主要是增施有機肥，包括人畜糞尿、土雜肥、秸稈、商品有機肥等。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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