微生物肥料是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。活化土壤，解磷解鉀。微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘體，形成土壤腐殖質，改善土壤結構和理化性狀，可將植物不能吸收的物質轉化為有效養分，供植物吸收利用。肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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