微生物肥料具有“四兩撥千斤”的獨特功能，既能活化土壤，提升肥效，又能保障農產品質量安全，是農業可持續發展不可缺失的投入品。同樣，微生物肥料功能多樣，能夠充當分解者(秸稈分解、土壤有毒有害物質降解)、轉化者(磷、鉀、鈣、鎂等養分的有效形態轉化)、生產者(生物固氮、產生各種促生物質)等。 據數據顯示，與傳統肥料相比，生物肥料通過調控土壤微生物區系能夠讓作物增產20%，可減少20%的化肥與農藥。
有機肥中的有利微生物運用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其間含有許多的促成長類物質。如成長素，能促進植物伸長成長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，添加開花數、保果率，進步產值，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，到達增產增收。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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