大量施用化肥、農(nóng)藥，使土壤受到不同程度的污染，產(chǎn)生一定的毒性。生長在受污染土壤的作物，除了造成生長障礙外，其產(chǎn)品還會(huì)對人類帶來危害。消除土壤污染是環(huán)境治理的重要內(nèi)容。微生物肥料的肥效持續(xù)時(shí)間長，可以減少化肥的施用量，并且它本身無毒無害。微生物肥料具有降解和轉(zhuǎn)化土壤中有毒物質(zhì)的能力。這種生物修復(fù)是土壤修復(fù)的各種措施中經(jīng)濟(jì)有效的措施。

土壤中的有機(jī)質(zhì)能顯著改進(jìn)土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水才能增強(qiáng)，進(jìn)步土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇才能，增產(chǎn)明顯，這是化肥不能代替的。添加土壤有機(jī)質(zhì)的方法主要是增施有機(jī)肥，包括人畜糞尿、土雜肥、秸稈、商品有機(jī)肥等。

糞肥中含有豐富的有機(jī)質(zhì)和作物所需要的各種營養(yǎng)元素，對增加作物產(chǎn)量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中。古時(shí)候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現(xiàn)象增多，各種問題也隨之而來。