微生物肥料是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。活化土壤，解磷解鉀。微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘體，形成土壤腐殖質，改善土壤結構和理化性狀，可將植物不能吸收的物質轉化為有效養分，供植物吸收利用。肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體。
化肥的實踐運用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運用。當施入有機肥后，因為有利生物活動改進了土壤結構，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運用率進步到50%以上。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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