微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，會產生多種對作物有益的代謝產物。這些代謝產物可刺激或調控作物生長，使作物健壯，達到增產目的。不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌種還可以分泌一些刺激素維生素等以刺激作物生長，使作物健壯，營養狀況得到改善。
化肥的實踐運用率只要30%～45%。丟失的化肥一部分分化開釋到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收運用。當施入有機肥后，因為有利生物活動改進了土壤結構，添加了土壤保水保肥才能，從而削減了營養的流失。加上有利微生物解磷解鉀效果，能使化肥有效運用率進步到50%以上。
糞肥中含有豐富的有機質和作物所需要的各種營養元素，對增加作物產量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以來都被廣泛應用于農業生產中。古時候就流傳著“糞多則肥多，肥多則田沃，田沃則谷多”的說法。近年來，隨著糞肥不合理的施用現象增多，各種問題也隨之而來。
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