有機肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和種群。同時，作物根系形成的優勢有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增強作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指數。連續幾年的應用可以大大緩解連作障礙。減少環境污染是一種環保肥料，對人、動物、環境安全無毒。
有機肥料的價格因有機肥料而異。有機肥料有很多可以用作有機肥料。城市污泥、風化煤、湖泊沉積物、秸稈、豆粕、畜禽糞便、糧食下腳料等。可以作為有機肥料的原料。天然有機肥料的價格因原料和成本而異。此外，生物有機肥料中的有機質須能夠滿足有益細菌的生存。
生物有機肥的應用更加靈活。生物有機肥中氮、磷、鉀含量相對較低，一般在5%左右，養分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有機肥可以作為基肥.種肥.追肥施用不會產生任何不利后果。 因此，雖然生物有機肥是一種新型的有機肥，但其應用與傳統的有機肥施用差別不大。只要我們注意到這些點，就會有一定的應用效果。
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