首先，打開化糞池的蓋板。用長棍或竹竿將里面的雜物結塊層攪起，將吸糞車的吸糞軟管放入化糞池內，啟動吸糞車的開關將池內的糞結塊物吸上來，蓋上化糞池的井蓋。用清水沖洗工作場所和工具。清洗后池內無泥沙漂浮，出入口暢通，防止污水溢出地面。這是清理化糞池的程序。
化糞池井蓋打開10-15分鐘后，人要遠離水池，更不要在水池邊點火或吸煙。因為會有甲烷從池子里出來，這樣可以防止火災的發生。為了防止中毒，人們不應該去游泳池工作。水池蓋打開后，工作人員不得離開現場。清洗后，立即蓋上蓋子，防止行人掉入。
化糞池不清理對環境的污染，地面外力導致罐體振動、開裂。造成糞便水向地下滲漏，污染地下水源，化糞池長期不清理導致出水嚴重超標等。給周邊的河湖帶來了嚴重的破壞，化糞池長期不清洗造成了很大的危害。
化糞池底部因糞堆而硬化時，留給糞堆發酵的空間和時間不足，直接影響無害化處理的效果。當糞渣變硬到一定高度，相當于沒有經過任何處理就直接從化糞池中排出。因此，化糞池作為避免管道堵塞的糞便攔截設施，攔截并沉淀污水中的大顆粒雜質。對防止污水管道堵塞，減少管道埋深，保護環境起到積極作用。
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