當sterol比較豐富時,Scap和另一個ER上的膜蛋白Insig-1/2 (insulin-induced gene)相互作用,此時Scap和SREBP-2也相互結(jié)合在ER的膜上。Scap和Insig的結(jié)合需要膽固醇或膽固醇的類似物參與,比如 25-hydroxycholesterol (25HC)。當sterol水平下降時,Insig和Scap不再相互作用,此時Scap會經(jīng)歷一系列結(jié)構(gòu)變化去暴露出它的膜泡轉(zhuǎn)運信號“MELADL”,于是Scap拽著SREBP-2一起,會在COPII介導的囊泡運輸作用下從ER轉(zhuǎn)運到高爾基體。一旦到了高爾基體,SREBP-2/Scap復合物就會遇到活化的蛋白酶,S1P (site-1 protease)和S2P。S1P首先會把SREBP兩個跨膜結(jié)構(gòu)域的loop切斷,將SREBP分成兩個部分,此時每一部分仍然有一個跨膜結(jié)構(gòu)域保留在膜上。隨后S2P會繼續(xù)在連接SREBP N端結(jié)構(gòu)域的跨膜區(qū)切割,于是SREBP的N端轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)域被釋放,然后進核啟動相關(guān)基因的表達【1-3】(圖1)。
盡管這條信號通路已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了幾十年,但是具體的結(jié)構(gòu)信息和分子機制仍然尚未被完全闡述。2021年1月15日,Science雜志在線發(fā)表了來自顏寧和閆創(chuàng)業(yè)合作發(fā)表,題為“A structure of human Scap bound to Insig-2 suggests how their interaction is regulated by sterols”的研究長文,通過冷凍電鏡技術(shù),解析了人源Scap和Insig-2包含25HC分子的復合物結(jié)構(gòu),揭示了固醇類分子調(diào)節(jié)SREBP信號通路的分子機制。
為了闡明該信號通路分子機制,在此前,一些低等物種的同源結(jié)構(gòu)也有被陸續(xù)解析。比如,來自古細菌的S2P MjS2P的晶體結(jié)構(gòu)【4】,分枝桿菌Insig同源結(jié)構(gòu) MvINS【5】,和來自酵母的SREBP和Scap C端結(jié)構(gòu)域的同源蛋白,Sre1【6】和Scp1【7】。SSD結(jié)構(gòu)域在很多蛋白中可見,并且有很多工作已經(jīng)揭示了SSD的結(jié)構(gòu)信息,比如Niemann-Pick type C (NPC1), Patched 1 (Ptch1), NPC1L1, 和Dispatched蛋白的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)【8-13】。盡管如此,在SREBP信號通路中,25HC(或其他類固醇分子)的結(jié)合位點和Scap與Insig的相互作用機制仍然未知。此外,此前報道顯示Insig結(jié)合25HC而不是膽固醇,然而Scap卻只能結(jié)合通過它的內(nèi)腔結(jié)構(gòu)域(Loop1)結(jié)合膽固醇。
為了更加清晰的闡述相關(guān)分子機制,作者結(jié)合生化和冷凍電鏡技術(shù),解析了Scap_Insig-2_25HC三者的復合物結(jié)構(gòu)。結(jié)構(gòu)中,跨膜結(jié)構(gòu)域的平均分辨率3.7 。Scap的SSD和Insig-2的所有跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)都被解析,其中25HC分子像三明治一樣夾在Scap的S4-S6部分和Insig-2的TM3/4之間 (圖2)。
結(jié)構(gòu)顯示,Scap的S4中間“解旋”狀態(tài)部分對于25HC的結(jié)合和Insig相互作用至關(guān)重要。Scap的跨膜結(jié)構(gòu)域與NPC1和Ptch1類似,但是Scap在S4區(qū)域有一個特別之處—Scap的S4在中間“斷開”形成了一個類似解旋的扭結(jié),使S4分成了兩個半個的helix,S4a和S4b (圖2)。但在NPC1和Ptch1的相應區(qū)域是完整的。正是由于這個扭結(jié),使得S4a向SSD內(nèi)傾斜,給配體的結(jié)合騰出了空間。結(jié)構(gòu)和生化實驗證明,S4螺旋的不連續(xù)對于配體的結(jié)合和與Insig-2的相互作用不可或缺。
Insig-2的結(jié)構(gòu)與此前解析的MvINS結(jié)構(gòu)類似。在MvINS的晶體結(jié)構(gòu)中,一個內(nèi)源的diacyl-glycerol (DAG)分子插入在TM1/2/3/5的中心口袋中。結(jié)構(gòu)類比之后,發(fā)現(xiàn)在Insig-2的相應區(qū)域也有類似的口袋,此前的結(jié)構(gòu)預測該口袋也是用來裝固醇類配體的【5,14】。但是,通過解析的結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn),盡管在相應的區(qū)域確實存在一個相似的口袋,但是在口袋內(nèi)沒有觀察到任何的電子密度。進一步發(fā)現(xiàn),25HC實際上是結(jié)合在Scap和Insig-2的相互作用界面。而對于在口袋附近進行氨基酸突變也不會明顯影響25HC依賴的Scap-Insig-2相互作用(圖3),進一步證實了口袋并非結(jié)合配體的位置。
總的來說,結(jié)合整個結(jié)構(gòu)和生化實驗結(jié)果,文章較完整的揭示了Scap和Insig-2之間以25HC依賴的方式的跨膜相互作用分子機制(圖4)。盡管如此,依然還有很多問題需要被解決。比如為什么有了配體的結(jié)合后,Scap的構(gòu)象就會阻止MELADL motif被囊泡的識別,不被轉(zhuǎn)運至高爾基體?在Scap上,以膽固醇依賴的方式進行構(gòu)象改變的Loop1是否會耦連S2和S4的運動?單獨的Scap和Insig結(jié)構(gòu)又長得怎么樣?等等一些問題,不是這一個結(jié)構(gòu)可以解釋的,不過該結(jié)構(gòu)給這些未來更復雜的問題提供了一定的線. 簡化的分子機制模型
顏寧、閆創(chuàng)業(yè)為論文共同通訊作者,西湖大學博士后鄢仁鴻、清華大學博士生曹平平、宋聞麒為本文的共同第一作者。冷凍電鏡數(shù)據(jù)分別在國家蛋白質(zhì)科學中心(北京)清華大學冷凍電鏡平臺和西湖大學冷凍電鏡平臺收集,清華大學高性能計算平臺和西湖大學超算中心分別為本研究的數(shù)據(jù)處理提供了支持。