1、成分不同：硫基復合肥中含氯量低，國家標準小于3%，且含大量硫元素，能有效改善土壤缺硫癥狀；而氯基復合肥含有大量氯元素，對一些作物有不良影響。
3、適用范圍不同：氯基復合肥對忌氯作物的產量和品質均有不良影響，嚴重降低該類經濟作物的經濟效益；而硫基復合肥適用于各類土壤和各種作物，且能有效提高各類經濟作物的外觀、品質，可顯著
4、施用方法不同：氯基復合肥可作基肥和追肥，不宜作種肥，作基肥時在中性和酸性土壤上宜與有機肥、磷礦粉等配合混合使用，作追肥時宜提早施用。而硫基復合肥可作基肥、追肥、種肥和根外追肥。
那么究竟哪一種肥施用效果好呢？現在很多農民朋友受廣告宣傳的影響，都認為硫基的好，這是不正確的。
對于經濟作物，尤其是對需硫較多的蔬菜如洋蔥、韭菜、大蒜等或對缺硫比較敏感的油菜、甘蔗、花生、大豆和菜豆上施用硫基復合肥效果較好，但在水生蔬菜和麻類作物上施用氯基復合肥反應較好，因為氯離子是麻類作物所必需的，它能促進纖維發育，增強纖維的韌力。
對于大田作物，如玉米、水稻、大豆、小麥等作物，兩種類型的復合肥的肥效是一樣的，沒有差別。而真正以硫酸鉀為原料的復合肥，價格都很高，因為硫酸鉀的價格太高了，所以在大田作物上，用硫基復合肥都是沒有必要的，也是不劃算。
對于氯基復合肥的使用要根據作物對氯離子的敏感程度，具體分為喜氯作物：椰子、洋蔥、菠菜、芹菜、甘藍等；耐氯較強的作物：甜菜、水稻、谷子、高粱、大麥、小麥、玉米、茄子、豌豆、菊花等；耐氯中等的作物有：棉花、大豆、油菜、番茄、柑橘、葡萄、茶、蔥、蘿卜等；忌氯作物有：萵苣、四季豆、煙草、薯芋類等。三氮素功效大不同
硝態氮被植物吸收后，要經過硝酸還原酶和亞硝酸還原酶還原成銨態氮后，才能進一步合成氨基酸。
尿素氮是生產干粉法粒狀復混肥常用的氮源，施入土壤后一般要經過脲酶水解，轉化成銨態氮肥，才能被植物大量吸收利用。
水稻施用銨態氮的效果比硝態氮好。因為水稻幼苗根中缺少硝酸還原酶，對硝態氮不能很好利用。除水稻本身原因外，水田中施用硝態氮易于流失，而且在淹水條件下的反硝化作用也是氮素損失的原因。因此，在水稻田施用硝態氮肥，有資料認為其肥效只有銨態氮肥的60%—70%。煙草和蔬菜是喜硝態氮的作物。硝態氮肥極易溶解，在土壤中活動性大，能迅速提供作物氮素營養，同時，又易于流失，肥效較短。這種特性符合煙草的要求，葉片要生長快，在適當時候又能落黃“成熟”。而且硝態氮有利于煙草體內形成檸檬酸、蘋果酸等有機酸，烤出的煙葉品質好，燃燒性好。
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