在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

實驗室凈化工程之所以干凈，首先是通過一種特殊的工藝阻斷空氣與使用空間的自由交流，然后通過人工的手段將空氣輸送到使用空間。當然，新鮮空氣和渾濁空氣都要運到這里。所謂濁氣，就是將使用空間內的空氣輸送到外界并經過處理使之成為潔凈空氣，再輸送回使用空間。原理可以用下面的流程圖簡單說明:氣流_一次空氣處理_空調_+中間空氣處理_+風機送風_凈化管道_高效送風口-潔凈室-除塵-回風風道-新風和一次空氣處理。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。