在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

各種空氣過濾器:過濾器按其處理空氣的性能可分為粗效、中效、高效、次高效、高效、超高效六大類。每個過濾器處理灰塵顆粒的能力不同，因此它們用于不同的功能部分。如果選擇正確，使用合理，就能發揮作用；否則，他們會適得其反。風機和送風風道:送風風機一般位于空調機組內。風機應根據整體風管和空調通風量來選擇。大壓頭雖然可以滿足克服系統阻力的要求，但會增加能耗和噪音。比較好的選擇是考慮變頻風機J，可能會加大投入，但是可以根據系統阻力的變化自動調節送風量，并且可以節能降噪。送風管道應做好保溫降噪，必要時應加裝消聲裝置。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。