在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

潔凈實驗室使用的空調通風系統主要由空氣處理設備、粗高效過濾器、空氣輸送設施和局部凈化設備組成，它們的類型和功能各不相同?？諝馓幚碓O備:一般空氣處理設備是由空調(AHU)、新風機組(MAU)、循環機組(RAU)組成的成套機組，常用于空調凈化系統中的空氣熱濕交換和空氣凈化處理。適合有一定規模的實驗室凈化工程，但是需要其他過濾器和凈化裝置的整體配合，所以投資比較高。相對較小的實驗室空氣處理設備由分立的小型設備組成，比如利用冷暖空調作為冷熱源，對空氣的溫濕度進行簡單的處理，然后配備風機過濾機組(FFU)對空氣進行凈化，這是一種相對簡單的凈化方案。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。