在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

電氣控制系統:照明、供電、弱電，包括凈化燈、插座、電氣柜、布線、監控、電話等。給排水設計管理信息系統:給排水工程的管道、設施、控制和研究裝置等。空氣質量過濾信息管理系統:高效過濾器等企業可以使用凈化技術和設備:如臭氧、紫外線燈、風淋室(含物品淋浴房)、傳遞窗、潔凈工作臺、互鎖鎖等凈化網絡輔助設備，風道系統:包括不同的送風、回風、新風和排風管道、接線端子和控制技術裝置等。空調控制系統:包括冷熱水機組，包括管式水泵、冷卻塔或風冷設備、管道、汽車空調的組合與凈化等。包括混流段、初效段、加熱/冷卻段、除濕段、壓力段、中效段、靜壓段等。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。