在設計前，應了解流程類型，并采用合適的入口風速。在PCR實驗室凈化，如果風速太低，有害氣體可能無法完全消除；風速過高會增加能耗，影響柜內工藝操作，如電爐正常加熱，溶劑蒸發加速。通風柜應根據不同種類的測試分成不同的系統。一般每個PCR實驗室凈化系統至多只能有四個通風柜，注意不要把強酸、強氧化劑和易燃易爆系統混在一個PCR實驗室凈化系統中。盡量使用補風通風柜，可以減少70%左右的排煙熱損失。

實驗室凈化工程的外廊周圍的外廊可以有窗，也可以無窗，可以用來參觀和放置一些設備，有的外廊還配有值班暖氣。外窗必須是雙層密封窗。內走廊型:潔凈室位于外圍，走廊位于內部。這個走廊的潔凈度水平普遍較高，甚至與潔凈室處于同一級別。兩端:潔凈區位于一側，另一側設有準潔凈及輔助用房。核心型:為了節省土地，縮短管線，可以潔凈區為核心，周圍是各種輔助用房和隱蔽管線空間。這種方式避免了室外氣候對潔凈區的影響，降低了冷熱能耗，有利于節能。

實驗室凈化工程不僅起到保護實驗樣品安全的作用，也是保證實驗成功和實驗人員安全的重要措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室的某一區域開辟出來，專門用于建造空氣潔凈，對實驗環境要求相對較高的實驗室或無菌室。實驗室凈化工程系統其實和傳統的潔凈室系統差不多，只是潔凈室的壓力、微生物控制、溫濕度控制比工業潔凈室更嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾層彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等。潔凈實驗室必須按照潔凈室施工及驗收標準，采用密封性好、不產生粉塵的材料進行隔斷和吊頂裝修。潔凈實驗室的通風系統一般采用組合式空調機組。