為了防止室外污染源進入潔凈區，使室內壓力高于潔凈區外的壓力，潔凈區內的壓力成為正壓潔凈區；相反，為了防止潔凈區內的污染源向實驗室外部擴散，使內部壓力低于外部壓力，這種實驗室就成為負壓潔凈區。所以潔凈室的正負壓力是相對的，主要取決于各個實驗室的相對壓力。PCR實驗室凈化有嚴格的壓力梯度，所以有嚴格的氣流方向。相鄰實驗區之間的壓力差為5Pa，實驗區與緩沖區之間的壓力差為5Pa。

潔凈實驗室一般包括潔凈區、準潔凈區和輔助區。潔凈實驗室的布局可以有以下幾種方式:外廊的環繞風格:外廊可以有窗，也可以無窗，可用于參觀和放置一些設備，部分外廊配有值班暖氣。外窗必須是雙層密封窗。內走廊:潔凈實驗室位于外圍，走廊位于內部。這個走廊的潔凈度水平普遍較高，甚至與潔凈實驗室處于同一水平。兩端:潔凈區位于一側，另一側設有準潔凈及輔助用房。核心型:為了節省土地，縮短管線，可以潔凈區為核心，周圍是各種輔助用房和隱蔽管線空間。這種方式避免了室外氣候對潔凈區的影響，降低了冷熱能耗，有利于節能。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。