玻璃鋼化糞池通常由三個相連的水池組成，中間通過導流管相連。由于寄生蟲卵比重高于普通混合液，主要采用厭氧發酵、中層分流、易沉淀的原理。經過池內30多天的發酵分解，中層糞污從一池依次流向三池，達到沉淀或殺滅糞污中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的。第三個池子里的糞肥變成了優.質肥料。

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新鮮糞便從糞便入口進入di一池，池中的糞便開始發酵分解。由于比重不同，糞便可自然分為三層，上層為糊狀糞便皮，下層為塊狀或顆粒狀糞便渣，中間層為相對清澈的糞便液。上層糞皮和下層糞渣含有多的細菌和寄生蟲卵，而中間層含有少的卵。初步發酵的中間糞液通過導流管進入第二池，而大部分未充分發酵的糞皮和糞渣留在di一池進一步發酵。流入第二池的糞液進一步發酵分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液進一步無害化，產生的糞皮和糞渣較di一池明顯減少。第三人的排泄物一般都是腐爛的，其中病菌和寄生蟲卵已經基本被殺死。第三池的作用主要是儲存基本無害的糞便。