無害化處理設備消毒工作可不包含罐內，因為罐內工作的時候是一種高溫的環境，本身病菌就進行了殺滅所以不需要再進行額外的消毒，當然也要平日里做好相應的清潔工作，注重消毒的地方在無害化處理的罐門處、還有著相應的運輸方面，對于物料車等也要做好相應的消毒工作，除此之外對受水淹圈舍、食槽、畜禽用具、運輸工具，要進行全面徹底消毒，實際使用的時候每隔一段時間就應該做一次全面的消毒工作，而對于運輸車以及相應的暫存點等要經常的進行消毒。

注意暫存場要防水、防滲、防鼠、防盜，易于清洗和消毒，暫存場所應設置明顯警示標識不允許非專門的人員進入，應定期對暫存場所及周邊環境進行清洗消毒避免其中的病菌進行傳播出去，車輛駛離暫存、養殖等場所前，應對車輪及車廂外部進行消毒，運載車輛上應該有著相應的標示禁止無關人員靠近，在進行運輸的時候也應當選擇人流量少的道路盡量避免進入人口密集區，當高溫導熱油流經管道時，釋放熱量，加熱介質水，產生飽和蒸汽，從而實現外部供氣的目的。

土壤被覆蓋后，消毒液被噴灑在掩埋區域周圍，焚燒處理，焚燒處理一般用于畜牧業（如豬、牛、羊等），這種方法比較適合于規模化養殖場等企業處理死畜，對于附近沒有垃圾焚燒廠的農場或小農戶，可自行建造小型焚燒爐，用沼氣、木柴等生態燃料焚燒死畜，但應安裝爐蓋和廢氣管道，并在排氣口安裝簡易噴淋裝置，以凈化廢氣，此外，焚燒爐應建在遠離水源和居民區的空地上，并建在居民區的背風面上，禽畜無害化處理設備按我國鍋爐壓力容器標準制造，具有良好的耐腐蝕和承壓性能。