“%chk=”命令用于指定計(jì)算輸出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路徑（，/在Linux系統(tǒng)中代表當(dāng)前文件夾，當(dāng)然也可以寫上完整路徑），該路徑需實(shí)際存在，否則在后續(xù)計(jì)算過程中會(huì)報(bào)錯(cuò)，事實(shí)上這一部分內(nèi)容可以根據(jù)實(shí)際需要寫的更為詳細(xì)，例如：，接下來在Xshell端輸入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回車，進(jìn)入該文件夾，隨后輸入“g09

若該值設(shè)定不合理，則計(jì)算出來的結(jié)構(gòu)并非基態(tài)，這一部分內(nèi)容會(huì)在后文中詳細(xì)介紹，此處僅給出一個(gè)簡單的判斷標(biāo)準(zhǔn)，對于大多數(shù)不包含過渡金屬的基態(tài)分子，例如水、苯、SO42-、常規(guī)有機(jī)體系等均為閉殼層體系，其自旋多重度為1，模型，該體系中包含的1個(gè)O原子和2個(gè)H原子，以及這三個(gè)原子各自的笛卡爾坐標(biāo)，對比修改前后的輸入文件，可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內(nèi)容。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計(jì)算過程中輸出信息，對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進(jìn)一步判斷。