任務(wù)的計(jì)算方法和內(nèi)容部分,“#”指以正常形式輸出計(jì)算結(jié)果,若希望以更為詳細(xì)的形式輸出結(jié)果,可寫(xiě)作“#P”,若希望以精簡(jiǎn)形式輸出,可寫(xiě)作“#T”,“b3lyp”決定本次模擬采用DFT方法并選用b3lyp泛函進(jìn)行計(jì)算,泛函應(yīng)根據(jù)實(shí)際需要進(jìn)行選擇,此處給出的較為通用且精度尚可的雜化泛函,例如Summary中包含了當(dāng)前幀的基本信息(電子自旋、能量等),Optimization可顯示優(yōu)化過(guò)程中體系的能量和平均受力(RMS)變化情況。
若該值設(shè)定不合理,則計(jì)算出來(lái)的結(jié)構(gòu)并非基態(tài),這一部分內(nèi)容會(huì)在后文中詳細(xì)介紹,此處僅給出一個(gè)簡(jiǎn)單的判斷標(biāo)準(zhǔn),對(duì)于大多數(shù)不包含過(guò)渡金屬的基態(tài)分子,例如水、苯、SO42-、常規(guī)有機(jī)體系等均為閉殼層體系,其自旋多重度為1,模型,該體系中包含的1個(gè)O原子和2個(gè)H原子,以及這三個(gè)原子各自的笛卡爾坐標(biāo),對(duì)比修改前后的輸入文件,可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內(nèi)容。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計(jì)算過(guò)程中輸出信息,對(duì)于大多數(shù)含有過(guò)渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開(kāi)殼層體系,自旋多重度大于1,需做進(jìn)一步判斷。