無論是DFT還是HF方法的模擬，均需選擇合適的基組，此處給出的是較為通用且精度尚可的基組，【前綴】【主詞】【后綴】關(guān)于基組的選用，可參考sob老師的文章“http://sobereva，com/336”，“opt”指本次模擬的具體任務(wù)為結(jié)構(gòu)優(yōu)化，這些命令可根據(jù)情況連用，例如“optfreq”表示首先進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，隨后對優(yōu)化的結(jié)構(gòu)進(jìn)行振動(dòng)分析，該值根據(jù)實(shí)際計(jì)算情況修改即可，例如計(jì)算一個(gè)Cu2+時(shí)為2，計(jì)算苯分子時(shí)為0，計(jì)算一個(gè)SO42-時(shí)為-2。

可載入GaussView中，對計(jì)算結(jié)果或計(jì)算過程中的一些結(jié)構(gòu)變化進(jìn)行分析，檢查點(diǎn)文件：文件后綴名通常為，chk或，fchk，包括軌道系數(shù)、密度矩陣等輸出文件中未涵蓋的重要信息，可載入Multiwfn進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，讀寫文件：文件后綴名通常為，注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實(shí)例均是在本地電腦（Windows系統(tǒng)）建模并生成輸入文件，在服務(wù)器（Linux系統(tǒng)）中進(jìn)行計(jì)算，在本地電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計(jì)算過程中輸出信息，對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進(jìn)一步判斷。