原子間的連接方式，這些字樣代表原子之間的連接關系，對于量化模擬毫無意義，故而可直接刪掉，這是由于量化模擬會在計算過程中根據(jù)原子各自電子云間的交疊情況自主判斷成鍵形式，因此軟件并不關心輸入模型中的化學鍵，換言之，在建模時，水分子中O和H之間畫成單鍵抑或三鍵，對于計算結果沒有任何影響，那么此時，Results欄中的“Vibrations”可選，從中可以分析分子的所有振動形式及對應的紅外光譜出峰位置，進而生成該分子的理論紅外光譜。

可載入GaussView中，對計算結果或計算過程中的一些結構變化進行分析，檢查點文件：文件后綴名通常為，chk或，fchk，包括軌道系數(shù)、密度矩陣等輸出文件中未涵蓋的重要信息，可載入Multiwfn進行數(shù)據(jù)分析，讀寫文件：文件后綴名通常為，注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實例均是在本地電腦（Windows系統(tǒng)）建模并生成輸入文件，在服務器（Linux系統(tǒng)）中進行計算，在本地電腦進行數(shù)據(jù)處理和分析。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數(shù)含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。