“%chk=”命令用于指定計算輸出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路徑（，/在Linux系統中代表當前文件夾，當然也可以寫上完整路徑），該路徑需實際存在，否則在后續計算過程中會報錯，事實上這一部分內容可以根據實際需要寫的更為詳細，例如：，接下來在Xshell端輸入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回車，進入該文件夾，隨后輸入“g09

除上述軟件外，建議在本地電腦安裝一個專用的文本編輯器用于查閱和編輯輸入和輸出文件，推薦Notepad++，3，Gaussian軟件涉及的文件類型，Gaussian主要涉及的文件包括輸入文件、輸出文件、檢查點文件、讀寫文件等，初學者至少應對前三者有一定了解，Gaussian的關鍵詞較多，除opt外用的較多的包括irc（反應路徑）、freq（振動分析）、scan（勢能面掃描）、scrf（使用隱式溶劑）等。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。