若該值設定不合理,則計算出來的結構并非基態,這一部分內容會在后文中詳細介紹,此處僅給出一個簡單的判斷標準,對于大多數不包含過渡金屬的基態分子,例如水、苯、SO42-、常規有機體系等均為閉殼層體系,其自旋多重度為1,模型,該體系中包含的1個O原子和2個H原子,以及這三個原子各自的笛卡爾坐標,對比修改前后的輸入文件,可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內容。
無論是DFT還是HF方法的模擬,均需選擇合適的基組,此處給出的是較為通用且精度尚可的基組,【前綴】【主詞】【后綴】關于基組的選用,可參考sob老師的文章“http://sobereva,com/336”,“opt”指本次模擬的具體任務為結構優化,這些命令可根據情況連用,例如“optfreq”表示首先進行結構優化,隨后對優化的結構進行振動分析,該值根據實際計算情況修改即可,例如計算一個Cu2+時為2,計算苯分子時為0,計算一個SO42-時為-2。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務的計算資源分配(核數、內存使用情況)、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態,如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進一步判斷。