Linux下的轉(zhuǎn)換方法:formchkH2O,chk,即可生成H2O,fchk文件,Windows下可直接使用Gaussian軟件自帶的Utilities-FormChk模塊進(jìn)行轉(zhuǎn)化,生成對應(yīng)的,fch文件,輸出文件,out的查看,打開H2O,out文件后托至文檔末尾,可以看到一句名人名言以及計(jì)算耗時等信息,表明計(jì)算任務(wù)順利結(jié)束,若任務(wù)失敗,則會提示任務(wù)失敗并中斷,此時需根據(jù)報錯信息來排查可能的問題并修改輸入文件。
任務(wù)的計(jì)算方法和內(nèi)容部分,“#”指以正常形式輸出計(jì)算結(jié)果,若希望以更為詳細(xì)的形式輸出結(jié)果,可寫作“#P”,若希望以精簡形式輸出,可寫作“#T”,“b3lyp”決定本次模擬采用DFT方法并選用b3lyp泛函進(jìn)行計(jì)算,泛函應(yīng)根據(jù)實(shí)際需要進(jìn)行選擇,此處給出的較為通用且精度尚可的雜化泛函,例如Summary中包含了當(dāng)前幀的基本信息(電子自旋、能量等),Optimization可顯示優(yōu)化過程中體系的能量和平均受力(RMS)變化情況。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計(jì)算過程中輸出信息,對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進(jìn)一步判斷。