*補充說明：輸入文件，gjf內容的zui末尾務必保證存在空行，否則在計算過程中會報錯，在Linux服務器中進行模擬，通過SSH遠程連接服務器（圖中使用Xshell和Xftp軟件），Xftp用于在本地電腦和服務器間傳輸文件，在服務器端選擇合適的路徑建立文件夾并重命名為“H2O_opt”后進入該文件夾，將本地電腦端的H2O，隨后“ctrl+c”切出，并用“exit”命令即可關閉SSH遠程連接而不導致計算任務中斷。

除上述軟件外，建議在本地電腦安裝一個專用的文本編輯器用于查閱和編輯輸入和輸出文件，推薦Notepad++，3，Gaussian軟件涉及的文件類型，Gaussian主要涉及的文件包括輸入文件、輸出文件、檢查點文件、讀寫文件等，初學者至少應對前三者有一定了解，Gaussian的關鍵詞較多，除opt外用的較多的包括irc（反應路徑）、freq（振動分析）、scan（勢能面掃描）、scrf（使用隱式溶劑）等。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。