若該值設定不合理,則計算出來的結構并非基態,這一部分內容會在后文中詳細介紹,此處僅給出一個簡單的判斷標準,對于大多數不包含過渡金屬的基態分子,例如水、苯、SO42-、常規有機體系等均為閉殼層體系,其自旋多重度為1,模型,該體系中包含的1個O原子和2個H原子,以及這三個原子各自的笛卡爾坐標,對比修改前后的輸入文件,可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內容。
本文將以一些簡單的例子來介紹基于Gaussian軟件進行模擬的操作流程,并對其中涉及到的輸入、輸出文件內容的關鍵信息進行介紹,軟件安裝,利用Gaussian軟件進行量化模擬,一般會需要安裝3個軟件,即:Gaussian09,GaussView和Multiwfn三個軟件,若是打算利用服務器或超算中心(Linux系統)進行計算,建議在自己的本地電腦上安裝GaussView和Multiwfn,在服務器上安裝Gaussian主程序即可。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務的計算資源分配(核數、內存使用情況)、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態,如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進一步判斷。