原子間的連接方式，這些字樣代表原子之間的連接關系，對于量化模擬毫無意義，故而可直接刪掉，這是由于量化模擬會在計算過程中根據原子各自電子云間的交疊情況自主判斷成鍵形式，因此軟件并不關心輸入模型中的化學鍵，換言之，在建模時，水分子中O和H之間畫成單鍵抑或三鍵，對于計算結果沒有任何影響，那么此時，Results欄中的“Vibrations”可選，從中可以分析分子的所有振動形式及對應的紅外光譜出峰位置，進而生成該分子的理論紅外光譜。

除上述軟件外，建議在本地電腦安裝一個專用的文本編輯器用于查閱和編輯輸入和輸出文件，推薦Notepad++，3，Gaussian軟件涉及的文件類型，Gaussian主要涉及的文件包括輸入文件、輸出文件、檢查點文件、讀寫文件等，初學者至少應對前三者有一定了解，Gaussian的關鍵詞較多，除opt外用的較多的包括irc（反應路徑）、freq（振動分析）、scan（勢能面掃描）、scrf（使用隱式溶劑）等。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。