任務(wù)的計算方法和內(nèi)容部分,“#”指以正常形式輸出計算結(jié)果,若希望以更為詳細(xì)的形式輸出結(jié)果,可寫作“#P”,若希望以精簡形式輸出,可寫作“#T”,“b3lyp”決定本次模擬采用DFT方法并選用b3lyp泛函進(jìn)行計算,泛函應(yīng)根據(jù)實際需要進(jìn)行選擇,此處給出的較為通用且精度尚可的雜化泛函,例如Summary中包含了當(dāng)前幀的基本信息(電子自旋、能量等),Optimization可顯示優(yōu)化過程中體系的能量和平均受力(RMS)變化情況。
可載入GaussView中,對計算結(jié)果或計算過程中的一些結(jié)構(gòu)變化進(jìn)行分析,檢查點文件:文件后綴名通常為,chk或,fchk,包括軌道系數(shù)、密度矩陣等輸出文件中未涵蓋的重要信息,可載入Multiwfn進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,讀寫文件:文件后綴名通常為,注:在未特別說明的情況下,本文中涉及到的所有量化模擬實例均是在本地電腦(Windows系統(tǒng))建模并生成輸入文件,在服務(wù)器(Linux系統(tǒng))中進(jìn)行計算,在本地電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計算方法和精度、任務(wù)要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進(jìn)一步判斷。