原子間的連接方式,這些字樣代表原子之間的連接關(guān)系,對于量化模擬毫無意義,故而可直接刪掉,這是由于量化模擬會在計算過程中根據(jù)原子各自電子云間的交疊情況自主判斷成鍵形式,因此軟件并不關(guān)心輸入模型中的化學(xué)鍵,換言之,在建模時,水分子中O和H之間畫成單鍵抑或三鍵,對于計算結(jié)果沒有任何影響,那么此時,Results欄中的“Vibrations”可選,從中可以分析分子的所有振動形式及對應(yīng)的紅外光譜出峰位置,進而生成該分子的理論紅外光譜。
Multiwfn(http://sobereva,com/multiwfn/)則是sob老師開發(fā)的,功能極為強大的波函數(shù)分析軟件,該軟件可以極為方便的從計算輸出文件中提取出我們所關(guān)注的信息,極大簡化數(shù)據(jù)分析的難度,上述三個軟件的安裝在Windows系統(tǒng)還是Linux系統(tǒng)下均不困難,按照軟件安裝教程的步驟即可順利安裝,請注意在所有安裝路徑中不要出現(xiàn)中文,也建議不要出現(xiàn)空格(可用下劃線“_”代替空格)。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計算方法和精度、任務(wù)要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進一步判斷。