若該值設定不合理,則計算出來的結構并非基態,這一部分內容會在后文中詳細介紹,此處僅給出一個簡單的判斷標準,對于大多數不包含過渡金屬的基態分子,例如水、苯、SO42-、常規有機體系等均為閉殼層體系,其自旋多重度為1,模型,該體系中包含的1個O原子和2個H原子,以及這三個原子各自的笛卡爾坐標,對比修改前后的輸入文件,可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內容。
除上述軟件外,建議在本地電腦安裝一個專用的文本編輯器用于查閱和編輯輸入和輸出文件,推薦Notepad++,3,Gaussian軟件涉及的文件類型,Gaussian主要涉及的文件包括輸入文件、輸出文件、檢查點文件、讀寫文件等,初學者至少應對前三者有一定了解,Gaussian的關鍵詞較多,除opt外用的較多的包括irc(反應路徑)、freq(振動分析)、scan(勢能面掃描)、scrf(使用隱式溶劑)等。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務的計算資源分配(核數、內存使用情況)、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計算過程中輸出信息,對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態,如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等,均為開殼層體系,自旋多重度大于1,需做進一步判斷。