“%chk=”命令用于指定計算輸出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路徑（，/在Linux系統中代表當前文件夾，當然也可以寫上完整路徑），該路徑需實際存在，否則在后續計算過程中會報錯，事實上這一部分內容可以根據實際需要寫的更為詳細，例如：，接下來在Xshell端輸入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回車，進入該文件夾，隨后輸入“g09

任務的計算方法和內容部分，“#”指以正常形式輸出計算結果，若希望以更為詳細的形式輸出結果，可寫作“#P”，若希望以精簡形式輸出，可寫作“#T”，“b3lyp”決定本次模擬采用DFT方法并選用b3lyp泛函進行計算，泛函應根據實際需要進行選擇，此處給出的較為通用且精度尚可的雜化泛函，例如Summary中包含了當前幀的基本信息（電子自旋、能量等），Optimization可顯示優化過程中體系的能量和平均受力（RMS）變化情況。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。