無(wú)論是DFT還是HF方法的模擬，均需選擇合適的基組，此處給出的是較為通用且精度尚可的基組，【前綴】【主詞】【后綴】關(guān)于基組的選用，可參考sob老師的文章“http://sobereva，com/336”，“opt”指本次模擬的具體任務(wù)為結(jié)構(gòu)優(yōu)化，這些命令可根據(jù)情況連用，例如“optfreq”表示首先進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，隨后對(duì)優(yōu)化的結(jié)構(gòu)進(jìn)行振動(dòng)分析，該值根據(jù)實(shí)際計(jì)算情況修改即可，例如計(jì)算一個(gè)Cu2+時(shí)為2，計(jì)算苯分子時(shí)為0，計(jì)算一個(gè)SO42-時(shí)為-2。

除上述軟件外，建議在本地電腦安裝一個(gè)專用的文本編輯器用于查閱和編輯輸入和輸出文件，推薦Notepad++，3，Gaussian軟件涉及的文件類型，Gaussian主要涉及的文件包括輸入文件、輸出文件、檢查點(diǎn)文件、讀寫(xiě)文件等，初學(xué)者至少應(yīng)對(duì)前三者有一定了解，Gaussian的關(guān)鍵詞較多，除opt外用的較多的包括irc（反應(yīng)路徑）、freq（振動(dòng)分析）、scan（勢(shì)能面掃描）、scrf（使用隱式溶劑）等。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計(jì)算過(guò)程中輸出信息，對(duì)于大多數(shù)含有過(guò)渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開(kāi)殼層體系，自旋多重度大于1，需做進(jìn)一步判斷。