空格可用下劃線代替,例如“H2O_O2,gjf”,“Graphene_NH3,gjf”,接下來(lái),我們以上圖為例介紹Gaussian輸入文件(,gjf)中所包含的信息,主要涉及到5部分內(nèi)容:,計(jì)算資源分配及輸出結(jié)果保存部分,倘若我們要對(duì)一個(gè)Fe3+進(jìn)行模擬,但并不知道自旋多重度應(yīng)取何值,且不擅長(zhǎng)或無(wú)法通過(guò)軌道理論進(jìn)行判斷,那么可以通過(guò)計(jì)算Fe3+在不同自旋多重度下的單點(diǎn)能的方式來(lái)尋找其基態(tài)自旋多重度。
無(wú)論是DFT還是HF方法的模擬,均需選擇合適的基組,此處給出的是較為通用且精度尚可的基組,【前綴】【主詞】【后綴】關(guān)于基組的選用,可參考sob老師的文章“http://sobereva,com/336”,“opt”指本次模擬的具體任務(wù)為結(jié)構(gòu)優(yōu)化,這些命令可根據(jù)情況連用,例如“optfreq”表示首先進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,隨后對(duì)優(yōu)化的結(jié)構(gòu)進(jìn)行振動(dòng)分析,該值根據(jù)實(shí)際計(jì)算情況修改即可,例如計(jì)算一個(gè)Cu2+時(shí)為2,計(jì)算苯分子時(shí)為0,計(jì)算一個(gè)SO42-時(shí)為-2。
輸入文件:文件后綴名通常為,gjf,包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配(核數(shù)、內(nèi)存使用情況)、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息,輸出文件:文件后綴名通常為,out或,log,除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外,還包括了部分計(jì)算過(guò)程中輸出信息,對(duì)于大多數(shù)含有過(guò)渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài),如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等,均為開(kāi)殼層體系,自旋多重度大于1,需做進(jìn)一步判斷。