*補充說明：輸入文件，gjf內容的zui末尾務必保證存在空行，否則在計算過程中會報錯，在Linux服務器中進行模擬，通過SSH遠程連接服務器（圖中使用Xshell和Xftp軟件），Xftp用于在本地電腦和服務器間傳輸文件，在服務器端選擇合適的路徑建立文件夾并重命名為“H2O_opt”后進入該文件夾，將本地電腦端的H2O，隨后“ctrl+c”切出，并用“exit”命令即可關閉SSH遠程連接而不導致計算任務中斷。

原子間的連接方式，這些字樣代表原子之間的連接關系，對于量化模擬毫無意義，故而可直接刪掉，這是由于量化模擬會在計算過程中根據原子各自電子云間的交疊情況自主判斷成鍵形式，因此軟件并不關心輸入模型中的化學鍵，換言之，在建模時，水分子中O和H之間畫成單鍵抑或三鍵，對于計算結果沒有任何影響，那么此時，Results欄中的“Vibrations”可選，從中可以分析分子的所有振動形式及對應的紅外光譜出峰位置，進而生成該分子的理論紅外光譜。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。