“%chk=”命令用于指定計算輸出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路徑（，/在Linux系統中代表當前文件夾，當然也可以寫上完整路徑），該路徑需實際存在，否則在后續計算過程中會報錯，事實上這一部分內容可以根據實際需要寫的更為詳細，例如：，接下來在Xshell端輸入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回車，進入該文件夾，隨后輸入“g09

可載入GaussView中，對計算結果或計算過程中的一些結構變化進行分析，檢查點文件：文件后綴名通常為，chk或，fchk，包括軌道系數、密度矩陣等輸出文件中未涵蓋的重要信息，可載入Multiwfn進行數據分析，讀寫文件：文件后綴名通常為，注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實例均是在本地電腦（Windows系統）建模并生成輸入文件，在服務器（Linux系統）中進行計算，在本地電腦進行數據處理和分析。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。